W 1576 r wybuchło zbrojne wystąpienie Gdańszczan przeciwko Rzeczpospolitej. Nie był to jednak pierwszy konflikt króla z Radą Miejską, której bliżej było do Królewca i do Państwa Krzyżackiego, niż do Polski. Epilogiem sprzed buntu były wydarzenia, które miały miejsce podczas trwania wojny północnej.
I wojna północna rozegrała się w latach (1563-1570 – z tego względu nazywana jest również wojną siedmioletnią) pomiędzy Rzeczpospolitą, Szwecją, Cesarstwem Rosyjskim, Danią i Lubeką. Konflikt dotyczył Inflant oraz hegemonii na Morzu Bałtyckim. Z Inflantami była podobna sytuacja jak kiedyś z Prusami pod panowaniem Krzyżaków tylko, że w Inflantach panował Zakon Kawalerów Mieczowych. Zakon powoli tracił na znaczeniu, a szlachta inflancka chciała po jego upadku włączenia swoich terenów do Rzeczpospolitej.
Tymczasem Wielki Mistrz Zakonu zawarł porozumienie z carem Rosji Iwanem IV Groźnym, że po swojej śmierci ziemie zakonne trafią pod piecze Rosjan. To był zaczątek konfliktu, który zamienił się w długotrwałą wojnę, do której przystąpili Szwedzi (po stronie Rosji) oraz Duńczycy (po stronie Polski).
Kiedy wojna trwała w najlepsze w Gdańsku doszło do pierwszego poważnego konfliktu pomiędzy królem Zygmuntem II Augustem a Radą Miejską. Król w 1568 r powołał do życia Komisję Morską – składała się ona z wybitnych specjalistów z zakresu żeglugi morskiej (na jej czele stał kasztelan gdański Jan Kostka), których zadaniem było stałe powiększanie floty polskiej, rozliczanie kapitanów oraz wydawanie instrukcji odnośnie dalszych działań. Jednym słowem Komisja kontrolowała żeglugę morską przy polskiej linii brzegowej. Nie podobało się to bardzo Radnym Miejskim z Gdańska, którzy w większości mieli nastawienie antypolskie.
Tego samego roku kiedy została powołana Komisja, radni kazali ściąć 11 jej członków. Zygmunt August musiał uznać to zachowanie jako zniewagę majestatu. Do miasta wysłał swoich przedstawicieli (oczywiście z odpowiednio uzbrojoną świtą), którzy uwięzili burmistrzów miasta oraz srogo potraktowali wszystkich jego mieszkańców. Kara, która spadła na Gdańszczan z rąk króla jeszcze bardziej prowokowała do zachowania antypolskiego.